微藻通过天然产生抗菌化合物，能够抵抗病毒，以及作为水生动物的免疫增强剂，为抵御微生物病原体提供了机会。
微藻中的生物活性物质具有在工业养虾中控制疾病的潜力
一、细菌疾病，是对虾养殖一大阻碍。
细菌是导致水产养殖疾病的主要原因之一，近年来水产养殖中细菌对抗生素使用，产生抗药性的现象不断增多。但是某些种类的微藻具有天然抗菌活性，它们含有可作为免疫刺激剂的生物分子。因此，完整的新鲜藻类细胞和微藻提取物，已被用作虾或鱼饲料的替代品或补充剂，以帮助解决微生物感染问题。
从微藻当中的扁藻(TETRASELMISSUECICA)、罗氏角毛藻（Chaetoceroslauderi）、特氏杜氏藻（Dunaliellatertiolecta）、眼虫藻（Euglenaviridis）、三角褐指藻（Phaeodactylumtricornutum）和固着列金藻(Stichochrysisimmobilis)当中提取物，在试验中对几种虾类常见弧菌，如：溶藻弧菌、哈维氏弧菌、非01群霍乱弧菌、副溶血弧菌和创伤弧菌。
二、微藻提取物在对虾的作用
根据(Austinetal.,)的研究显示，群体感应（QuorumSensing，QS）是将毒力编码基因/信号分子传递给邻近的细菌，从而增加含有毒力基因的细菌密度，这样就可以足以伤害宿主。菌株在接收到毒力编码基因的信号后，会进行繁殖以增加数量。
Natrah等人（年）的研究报告说，一些淡水藻类的提取物，能够干扰受试细菌（包括致病菌，如：哈维氏弧菌）中由酰基高丝氨酸内酯分子介导的群体感应。
此外，多项研究（Benkendorff等人，年；Desbois等人，年）表明，藻类衍生的长链多不饱和脂肪酸(LC-PUFA)，如二十碳五烯酸（DHA、EPA）和其他成分，如：甾醇，具有抗菌作用，可能对革兰氏阳性菌和革兰氏阳性菌均有效。在使用补充富含DHA和ARA的海藻的虾饲料，进行养虾时，对虾显示出免疫学参数的显着改善，例如：总血细胞比容、酚氧化酶活性、超氧化物歧化酶活性和杀菌活性。此外，（Thasanee等人，年的研究还显示），喂食微藻之后，虾被哈维弧菌攻击后的存活率有所提高。
据多项研究报道（Merchie等人，年；Babin等人，年），微藻中富含的类胡萝卜素色素叶黄素、玉米黄质和虾青素，可提高虾和鱼以及其他甲壳类动物在感染时的存活率。
（Kanazawa等人，年；Kontera等人，年）的研究显示，维生素C在一些微藻物种中含量很高，它还能增强虾的免疫力，从而降低弧菌引起的死亡率。
Radhakrishnan等人的研究发现，罗氏沼虾(Macrobrachiumrosenbergii))在食用含有微藻特氏杜氏藻、小球藻的饲料之后，维生素C水平显着升高。杜氏盐藻含有大量β-胡萝卜素，这种微藻已显示出多种保护虾免受病毒病原体侵害的能力，尤其是白斑病毒(WSSV)。
Madhumathi等人（年）的一项研究中，斑节对虾感染了WSSV，没有喂食杜氏盐藻饲料的虾，在48小时内显示%的死亡率，而补充这种藻类的实验组在第5天显示存活率为60%，并且这种存活率依旧保持至第10天。
总的来说，微藻通过天然产生抗菌、抗病毒化合物，以及水生动物的免疫增强剂，为抵御微生物病原体提供了机会。迄今已发现的海洋和淡水微藻超过00种，但只但只有一小部分已经发现上述生物化合物，显然有丰富的资源尚未开发，未来将有更多微藻的生物活性物质面世。